香蕉经过时间旅行，变成了胶化香蕉，那么人类经过了时间旅行，会变成什么呢？
本村哉志的瞳孔难以置信地放大了——胶化香蕉对应的，就是“果冻人”吧？
果然，十四个经过时间旅行实验的人，全都在不同的时间变成了果冻人出现在不同的地点。
如果知道“黑深残”这个词的话，本村哉志绝对会把这个词作为标签安在这部动画的头上，但是他现在只是感受到了难以述说的压抑。
分明只是一个普普通通的中二大学生的冈部居然制造出能够将邮件发送到过去的时间机器，还通过好友阿至的骇客技术和IBN5100得知了SERN的阴谋，他难道就不害怕，不畏惧吗？
那十四个参加人体实验的实验者，肯定不是自愿参加这种危险实验的吧？难道冈部就不怕这种事情给周围的人带来危险吗？
本村哉志怀着沉重的心情，动画中冈部却似乎放下了担心，他重新发挥中二本色，召开了圆桌会议，开始和Lab的大家开始对电话微波炉（暂定）的命名进行了讨论，并在最终得到了D-mail这个名字。
定下名字的Lab众人，终于再次开始了关于D-mail的实验。
在实验中，冈部发现了D-mail能否成功发送的条件和时间有关。而红莉栖也在之后发现了D-mail的规律：微波炉设定的加热时间1秒相当于回溯一个小时，发送的邮件字符最多是英文36个字母或是18个日文字符。
随着对D-mail的深入了解，大家继续着试验，冈部发送了让过去的自己去买六合彩的三等奖，邮件发送的瞬间，电话微波炉（暂定）骤然发出了和往常实验成功时的场景一样的放电现象。
在与广播会馆楼下的人行道上类似的感受再次浸没了冈部的意识，等他回过神来，大家好像都在诧异地看着自己，时间仿佛回到了邮件发送之前一般。
就在冈部急切地追问着实验的结果，Lab的众人一脸茫然的时候，琉华来到了Lab，抱歉地交给冈部一张六合彩彩票。
原来，一周前冈部让琉华帮忙购买一组数字的六合彩，结果因为琉华的粗心，六合彩买错了一个号码，与七十万円的三等奖擦肩而过。
所以说，实验，真的成功了！
但是于此同时，世界线也从冈部没有购买六合彩的线路移转到购买了六合彩的世界线。
不知为何保留了记忆的冈部意识到了这一点，将这件事情告知了约翰·提托，邮件中，约翰·提托了解到了这一点，回复道：“凶真，希望你能……成为救世主！”
虽然意识到自己真的掌握住了成为救世主的钥匙，但是冈部心中的不安却让他拒绝了这个选项，反而采用了自己的中二设定，狂气的科学家凤凰院凶真，将要利用自己发明的时间机器重谱世界的架构。
接下来，冈部周围得知了D-mail的存在的友人们，都因为自己的愿望，开始发送D-mail对世界线进行了偏移。
琉华的D-mail下，他变成了女孩；菲利斯的D-mail下，秋叶原变成了电器街。
桐生萌郁的D-mail下，Lab的大家失去了对她的记忆，同时Lab里的IBN5100也消失了；冈部自己发出的“不要屈服于助手的威胁，跟踪铃羽”的D-mail下，本该在雷雨的夜晚离开Lab的大家的铃羽留了下来，参加了大家的“安抚会”party。
同时，冈部也收到了未知来源的威胁邮件，图片上的血色布丁，显然是在暗示冈部可能的下场。对此，冈部虽然从心底感到了不安，但是却坚持着自己的道路。
虽然不知道“作死”这个词，但是愈发感觉冈部是在进行某种会威胁自己和周围人生命的行动，本村哉志对愈发扑朔迷离的剧情感到了困惑和担忧。
一场意外，冈部发现了D-mail只能在早晨到傍晚才能成功的D-mail的原因：原来是楼下的Mr.显像管店里面的42寸电视机必须开着，实验才能成功。
从这个发现里，红莉栖意识到显像管的原理就是将电子发射到屏幕上的荧光粉使其出现图像，那么那个42寸的巨大电视所具备的巨大显像管，显然起到了向布尔黑洞发射电子的“飘升机”的作用。
这个推断一出来，能够发送D-mail的电话微波炉（暂定）的工作原理就这样完整了。
与此同时，自称是“战士”的阿万音铃羽的话语和行为也愈发令人捉摸不透。
在一片迷雾掩盖下的真相里，红莉栖结合自己以前发布的对人类记忆数据化的论文，终于完成了能够让人的意识跳跃到48小时前的时间跳跃机器。
大家开始准备庆功会，承受不住时间机器带来的压力和潜藏危险的冈部终于决定将时间跳跃机器公布出去，交给外界来处理。这个行为让本村哉志大大地松了口气，也让他对接下来的剧情发展生起了好奇——时间机器公布出去之后，剧情还要怎样发展呢？
本村哉志很快就意识到这个担忧毫无必要。在庆功会上，突发事件一个接一个的发生。
先是秋叶原的电车因为恐怖袭击预告而中止，随后冈部发现沙漏里的沙子也停止了下漏。
参加party的铃羽得知了Lab的电脑居然还直连着SERN的服务器，立刻察觉到了危险，没有解释便匆忙离开了Lab，紧接着，真由理疑惑地望向奶奶留下来的怀表，说出了令本村哉志心里一凉的话语：
“咦？真由氏的怀表停了……好奇怪啊？刚刚才上过发条的……”
逐渐感觉到事情不对劲的冈部露出了恐惧的神色，他心中自从D-mail发送开始就存在的担忧在这一刻达到了最大。
楼道里传来嘈杂错乱的脚步声，在冈部惊恐和Lab众人疑惑的目光中，一群带着面具手持枪械的暴徒冲进了Lab，用枪械对准了尚不知道发生了什么的Lab成员们。
随后，一个穿着紧身衣的熟悉身影出现在Lab的门口。
“桐生……萌郁……”
冈部难以置信地看着这个阴沉的女性。本来只是阴沉的她，现在反而让冈部感到了一种威胁将至的阴冷。
“时间机器由SERN回收。”桐生萌郁对他们惊讶的反应没有半点感想，冷漠地述说着自己的目的。
“牧濑红莉栖，冈部伦太郎，桥田至，你们三人跟我走。”
“真……由理呢？”冈部伦太郎害怕到颤抖的声线里，桐生萌郁冷漠地看向椎名真由理。
“椎名真由理……不需要……”
……
“砰！”
在冈部伦太郎祈求的目光与令人窒息的沉默中，桐生萌郁意义不明地说着“FB”，开枪杀死了真由理，少女的血液溅在了破碎的怀表上，暂停的指针仿佛昭显了真由理的命运。
真由理死了？！
从未见过主角的青梅竹马会死得这么干脆，本村哉志一时间都忘记了咀嚼口中的薯片。从秋叶原的广播会馆中躺在血泊中的牧濑红莉栖开始，到一封封D-mail的发出，再到SERN秘密的逐渐揭晓，故事的高潮终于在椎名真由理的死开始拉开了序幕。
面对死去的真由理，曾经自认掌控了全世界的冈部再也没有了凤凰院凶真的狂气，抱着真由理的身躯恸哭着。在一个个不经意间埋下的种子，酿成了现在的苦果，真由理的死也剥去了冈部的中二外壳，真正地让他意识到了自己做过的事情到底有多么愚蠢和危险。
刚才离开Lab的阿万音铃羽在这时候冲了出来，身手迅猛地击倒了暴徒们，捡起枪与桐生萌郁展开了对峙。
趁着这个时机，冈部伦太郎第一次使用了TIMELEAPER——时间跳跃机器，想要回到过去，拯救真由理。
原来如此，既然有时间跳跃机器，那么真由理就不会死了吧！意识到这一点，本村哉志松了口气。
对于会用可爱的“嘟嘟噜”向别人打招呼，会用“真由氏”来自称的椎名真由理，他还是很有好感的，这样一个无辜的少女因为无妄之灾死去，他内心可接受不了。
但是剧情却和本村哉志想象得不太一样，无论冈部如何及时地找到真由理，真由理依旧会在2010年8月13日的8点左右死亡。就算是SERN下属的桐生萌郁没有出现，真由理也会被电车轧死，被枪手击杀，被汽车撞死。
看着少女所遭遇的可怕结局，本村哉志突然想起了约翰·提托说过的一个理论——世界线收束理论。世界线虽然有分歧，但是也总会在一个点收束到一个结果上，也就是说，某些事情在一条世界线上是必然发生的。
难道说，冈部就是因为世界线的收束才无法拯救真由理的吗？
面对目睹了真由理无数次的死亡将要崩溃的冈部，其他世界线的红莉栖发现了他的不正常，得知了他的遭遇后，她和本村哉志一样意识到真由理的死并不是那些外因所造成的，而是有更深层次的内因在作用，让真由理无法在这个世界上活下去。
就在这时候，铃羽出现在两人面前，提出了世界线α和β的区别。同时让两人获知了世界线变动率的存在，以及用真空管制作的世界线变动率计量器。
“0.……”
本村哉志喃喃道。这组数据，不是冈部每次变动世界线的时候出现的吗？这么说，只要这个数据超过1%，就可以改变世界线收束的结果，真由理就不会死了吗？
神秘的铃羽知道这么多的信息，她又是什么身份呢？利落的身手，警惕的目光，很多常识都不知道但又很感兴趣的少女，又对世界线的理论如此熟悉，难道……